Родился в селе Покровское-Рубцово, Подмосковье[1], в семье крепостного крестьянина. В 1718 году подал царю Петру I челобитную, в которой утверждал, что
« ...сделает он к военному случаю на неприятелей угодное судно, которым на море, в тихое время, будет разбивать корабли, хотя б десять, или двадцать, и для пробы тому судну учинит образец... »
В 1720-1721 годах по указанию Петра I построил сперва модель, а затем, в 1721-1724 годах и полноразмерное подводное «Потаённое судно», ставшее первой российской подводной лодкой.
Макет «потаённого судна» в Сестрорецке.
Испытание «потаённого судна» происходило в 1721 году в присутствии Петра I на реке Неве у Галерного двора.
Памятник испытаниям потаённого судна Никонова в Сестрорецке
Для сооружения «Потаённого судна» использовались доски, железные полосы, медные листы, кожа и другие материалы.[1].
Никонов являлся командиром экипажа из четырёх (по другим источникам — из восьми) человек, под его руководством осуществлялись пробные погружения.
Первые испытания судна, в присутствии Петра I, прошли осенью 1724 года и закончились аварией: при ударе о грунт дно корабля оказалось проломлено.
Весной 1725 года судно было спущено на воду после ремонта, но обнаруженная течь не позволила провести погружение.
Третий раз Никонов испытывал своё судно в 1727 году.
После смерти Петра I впал в опалу. В 1728 году был разжалован из мастеров в рядового плотника и сослан на Астраханскую верфь.
Современный исследователь, инженер-кораблестроитель Е. Е. Колосов полагает, что судно Никонова «по техническим решениям, заложенным в нем, являлось прообразом современной ПЛ» и что сам Никонов, несмотря на неудачи, «в действии доказал возможность подводного плавания: летом 1721 года Ефим на своем „судне-модели“ все же совершил два успешных погружения и всплытия на Неве»
